Seperti yang sekilas sudah dijelaskan pada homepage,
Flora dan Fauna Indonesia dibagi sesuai dengan persebarannya menjadi tiga wilayah yaitu
Flora dan Fauna Asiatis adalah mereka yang memiliki kemiripan atau saudara di Benua Asia. Flora dan Fauna ini bisa ditemukan di Pulau Sumatera, Jawa dan Kalimantan.
Flora dan Fauna Indonesia Tengah adalah Flora dan Fauna yang khusus ditemukan di Indonesia Bagian Tengah seperti di Pulau Sulawesi, Kepulauan Nusa Tenggara dan sekitarnya.
Flora dan Fauna Australis adalah Flora dan Faunya yang khusus ditemukan di Indonesia Bagian Timur seperti di Kepulauan Maluku, Pulau Papua dan sekitarnya.